La comunidad de los padres franciscanos, en el año de 1964 decidió fundar un colegio para dar a los jóvenes la posibilidad de cursar estudios de primaria y secundaria. Este convento fue sede del plantel que recibió el nombre de “Colegio San Francisco de Asís”, inició sus labores bajo la dirección del Padre Franciscano Heli Flórez, graduándose la primera promoción de Bachilleres Académicos en el año 1971.
El Colegio Cooperativo San Francisco de Asís es un establecimiento de carácter mixto, modalidad académica y aprobado por Resolución No. 001468 de diciembre 16 de 1992 y actualmente rige la Resolución Nº 006898 del 24 de diciembre de 2002, en los grados 5º de Básica Primaria a 11º de Educación Básica Secundaria y Media Vocacional.
Los primeros pasos de la Orden Franciscana en Ubaté desde 1576, que es el dato documental más antiguo que se ha podido localizar hasta nuestros días, desde la fundación de la primitiva doctrina y fundación del convento de San Luis, sin dejar de mencionar a los religiosos que con su ciencia y con los buenos ejemplos de su vida consagrada a Dios, santificaron estas tierras, trazando además el derrotero histórico que condujo hacer del convento la casa de la provincia de Santa Fe, donde cobijo de las montañas y los pinares que la rodean se han formado en el mejor espíritu, las vocaciones franciscanas y allí también nació el Colegio San Francisco de Asís . (Cesar, 1576-1997)
San Luis Convento religioso, oasis natural que invita al recogimiento, a la meditación, y al estudio, solitario pero pintoresco conventico ha sido cuna de la juventud franciscana, por la suavidad de su clima, por lo silencioso del lugar es el apropiado para el desarrollo físico e intelectual de los niños, por eso a través de cincuenta años ha sido nido fecundo donde se han educado varios centenares de jóvenes.
El Colegio San Francisco de Asís, funcionó bajo la dirección y tutela de los Padres Franciscanos hasta el año 1974, en el año siguiente, aunque el colegio conservó la misma razón social, la dirección paso a manos de una Junta de Padres de Familia y exalumnos de la primera promoción y el profesor Jaime Alberto Ángel Sarmiento (+), fue encargado de la rectoría, el colegio adquirió el carácter mixto, se matricularon las primeras alumnas y se estableció la jornada continua de labores académicas.
El Colegio Cooperativo San Francisco de Asís inició entonces su historia, muchas fueron las tareas que emprendieron los directivos durante la vida académica de la institución, una de las grandes preocupaciones ha sido la de mejorar la calidad académica del plantel y ayudar al educando a desarrollar su personalidad para que participe activamente en la transformación del mundo actual.
La Comunidad Franciscana, aunque retirada de la dirección del colegio ha seguido su trayectoria y prestando su invaluable colaboración en la orientación espiritual de los estudiantes. En 1976 los padres de familia y exalumnos, presididos por Don Filiberto Obando Cruz y Laureano Gómez Montealegre, crearon la Cooperativa Educacional San Francisco de Asís.