La Institución Educativa fue creada como Colegio Rafael Contreras Navarro, con orientación artística, anexo al Instituto de Cultura y Bellas Artes de Ocaña, mediante la ordenanza No. 024 del 19 de Diciembre de 1989, siendo Gobernador del Departamento el Señor Eduardo Assaf Elcure, para iniciar labores a partir del 1 de enero de 1990 y para funcionar en la Sede del Instituto de Cultura de Ocaña con el personal docente del Instituto de Cultura y Bellas Artes.
Se inicia con el grado Primero de Educación Básica Primaria y con autorización para el aumento progresivo de los grados hasta completar los niveles de básica primaria, secundaria y media. Fue dirigido en sus comienzos por el Señor Miguel Ángel Quintero Durán, Director del Instituto de Cultura y Bellas Artes de Ocaña.
En el año de 1995 en acuerdo con directivos, docentes, padres de familia, la comunidad educativa en general y con la colaboración de la Gobernación del Departamento y la Alcaldía de Ocaña, la Institución Educativa fue trasladada a la Calle 11 No. 34-32, barrio Buenos Aires, donde antes funcionaba el Colegio La Paz, en donde el profesor y músico Alonso Bayona Quintero se posesionó como como nuevo rector.
En el año 2000 se traslada al sitio donde se encuentra actualmente y en el año 2002, se crea mediante decreto como Institución Educativa Colegio Artístico Rafael Contreras Navarro, con la sede Los Apartaderos.