Como Escuela Rural Integrada Cornejo fue fundada según ordenanza 055 de abril de 1927.
Hoy en día Sede Principal de la Institución Educativa Cornejo. La Sede Principal tuvo como su primer maestro a Don RAMON DIAZ, y funcionó al lado de la capilla actualmente casa cural; luego llego la maestra ESTHER ROMERO y se construyeron dos salones, ella se
dedicó a las niñas y él a los niños. Con el transcurso del tiempo fue aumentando la población y hubo la necesidad de ampliar la planta física y se construyeron dos aulas frente a las primeras.
En diciembre de 2003 fue creado el Centro Educativo Rural según decreto 1059 en su artículo 146, este decreto fue derogado por el decreto 000339 de agosto de 2004 y por el cual se le fusiona las escuelas rurales: Puente Zulia, Tabiro, Urimaco, Santa Rosa, Rosa Blanca y Guaduas; esta última cerrada temporalmente. En el año 2006 La administración municipal de San Cayetano, contribuyó con la construcción de nuevas aulas en la sede A y con el diseño de la cubierta del patio interior.
Por su parte la gobernación y la SED, lograron la construcción de tres aulas, el laboratorio de física y química, una batería sanitaria para docentes y estudiantes. Por sus aulas han pasado docentes que han contribuido en la construcción y mejoramiento del
establecimiento. Entre los directivos que han liderado la administración del establecimiento se recuerda a: Don Ramón Díaz, Gloria Macana, Maribel Flórez, Alfredo Martínez, Carlos Alfonso Serrano, Telmira del Socorro Pérez, Martha Cecilia Valencia (encargada), Orlando Villamizar, Claudia Rojas, Yolanda Hernández Salcedo y Ana Julia Castillo Navas, actual Rectora.
En noviembre 16 del 2011 fue aprobada la Media Técnica con la modalidad Técnico en Sistemas, mediante Decreto 000956 donde quedan fusionadas las sedes Cornejo, Puente Zulia, Urimaco, Tabiro, Santa Rosa, Rosa Blanca, San Isidro. Gracias a la gestión realizada
en la SED, la Institución Educativa cuenta con personal especializado en todas las áreas del conocimiento, en búsqueda de mantener el mejoramiento continuo. Los resultados en las pruebas externas nacionales han ido mejorando progresivamente, siendo más notorio en
la básica primaria y grado noveno. Desde el año 2011, las estadísticas muestran un incremento significativo en cuanto a cobertura esto obligo a pensar en desarrollar un proyecto de ampliación de infraestructura del establecimiento, evitando que las familias del Municipio de San Cayetano y el Corregimiento de Cornejo enviaran sus hijos a las instituciones de otros municipios cercanos.
En noviembre del año 2013 se recibió la certificación de ICONTEC en las normas ISO: 9001 y NTC.GP 2.000, convirtiéndose en la primera y única Institución Educativa Rural Certificada en el sistema Gestión de calidad, en el departamento Norte de Santander y en las cinco primeras a nivel nacional . En el año 2014 la Institución sigue aumentando su cobertura, como resultado mejoramiento continuo y la aceptación y reconocimiento de su labor dentro de la región, es por eso que se implementa la jornada de la tarde con algunos
grados de primaria.
En el año 2015 el programa enjambre ofreció a la Institución, la oportunidad de promover el uso de las TIC, mediante la implementación y desarrollo proyectos que genero 5 experiencias significativas (Eco ladrillo, lideres transformadores, billetes y monedas, noticornejo y material artístico con elementos plásticos), con ello la dotación de computadores, video beam, tablero virtual, tabletas y conectividad. Así mismo los docentes y directivos se beneficiaron de los programas de capacitación en todas las áreas
del conocimiento.
En el mismo año se contó con la formación de 8 auditores entre directivos y docentes, con el objetivo de realizar el proceso continuo de seguimiento a los procesos implementados con el sistema gestión de la calidad. La Alcaldía municipal de San Cayetano desarrollo un proyecto para el mejoramiento de la Infraestructura y la remodelación de un aula de informática, sala de audiovisuales, rectoría, Coordinación y Recepción, obra que se inauguró el día 26 de Febrero del 2016.
En el año 2017, se reconstruyeron 3 aulas en el bloque 2 y se organizó un espacio para depósito y oficina de tesorería.
En el año 2018, se continuó con el programa de educativo Ser Humano y se ofreció en otras sedes de la Institución como lo fueron San Isidro y Guaduas, graduando la quinta promoción de bachilleres en este programa.
En la sede San Isidro se construyó las baterías sanitarias mediante el liderazgo de la señora Rectora, docentes de la sede, comunidad y el apoyo del sector productivo. Se promocionaron en la Institución Educativa 34 bachilleres Técnicos en sistemas y gracias al apoyo de FUDOC se logró la beca para dos de estos estudiantes y la financiación del transporte durante su carrera para otros cuatro estudiantes más.
En este mismo año La docente GLADYS MARIA TELLEZ, quien perteneció por mucho tiempo a la Institución Educativa logra su jubilación y es reconocido su esfuerzo por toda la comunidad educativa.
En el año 2019 ingresaron a la planta de personal de la Institución Educativa los docentes Juan Jesús Durán, Ana Karina Samacá, Nancy Duarte, Giuliana Peñuela, Laura Mora, Coromoto Díaz, Andrés Lozano, Dora Ramírez y Diana Roció Atuesta. Se realizó la
renovación de la Certificación del Sistema Gestión de Calidad, se implementó la nueva modalidad media técnica Diseño e Integración Multimedia se realizó la feria de la investigación y se promocionaron como bachilleres a 46 estudiantes entre la medía y
modelo Ser Humano.
El año 2020 se caracterizó:
? En la planta de personal se trasladaron para otra institución las docentes Hirmis Eleni Peña y Alexandra Carrillo, así mismo ingresaron Ricardo Torres y María Isabel Márquez; se realizó un traslado interno, en el cual la docente Diana Atuesta fue reubicada de la sede Cornejo para la sede Puente Zulia.
? En la sede de Cornejo se derribó y construyó nuevamente la batería sanitaria del bloque A, aprovechando el espacio para edificar en el segundo piso de este, el espacio que se adecua como depósito y preparación de los alimentos para atender a los estudiantes en el servicio del PAE.? Debido a los ajustes requeridos por el Ministerio de Educación Nacional, para la emergencia sanitaria del COVID-19, a partir del 16 de marzo, se modificó el cronograma institucional, la metodología y estrategias de aprendizaje, el esquema
de calificación y demás actividades que hacen parte de la prestación del servicio educativo con el fin de cumplir los protocolos y directrices de cuidado y prevención frente al contagio del virus.
? Debido a las prioridades para la ejecución de los recursos de gratuidad y recursos adicionales asignados por la pandemia, no fue posible ejecutar el proceso de seguimiento al SGC en cuanto a las auditorias (Internas y externas).
? El programa ser humano no se ejecutó debido a las directrices del gobierno nacional por la emergencia sanitaria del COVID-19.
? El programa PAE se ajustó en cuanto a la prestación del servicio, por los cambios requeridos en los tiempos de emergencia sanitaria, se le entrego a todos los estudiantes un mercado básico equivalente al complemento alimentario y/o refrigerio escolar.
? El apoyo de la fundación FUDOC en las sedes de primaria mediante la entrega mercado a las familias de estudiantes. El año 2021 se caracterizó por los siguientes cambios:
? En la planta de personal ingresaron los docentes: Juan Eliceo Ibarra, María Mónica Cabrera, Miguel Ángel Villamizar; se realizó traslado interno de Jesús Andrés Lozano y traslado a otra Institución de Deisy Yurley Medina y Ana Karina Samacà.
? Inicio de la presencialidad alternada con el grado 11 a partir del 15 de Marzo. El ingreso de los estudiantes de los grados diferentes a 11, se realizó el 26 agosto, en presencialidad alternada.El año 2022 se caracterizó por lo siguiente:
?llegó a la planta de personal los docentes Juan Carlos Ortiz y Luz Marina Leal Patiño.
?Se desarrolló el programa académico de forma presencial.
? El docente Carlos Alfonso Serrano se jubiló del Magisterio después de haber pertenecido en la Institución por más de 30 años.
El año 2023 se caracterizó por: Se realizó la semana cultural y llegaron a la Institución Educativa las docentes Martha Irene Sánchez y Marcela Restrepo.